DNA-mikromatriseanalyse: Prinsipp, bruk og anvendelser
DNA-mikromatriseanalyse (microarray) er en high-throughput metode for å måle genuttrykk (RNA) eller genomisk variasjon (DNA) for tusenvis av gener samtidig. Basert på hybridering av merkede prøver til sonder på fast overflate (glass/silikon-chip).
Arbeidsflyt
- Chip med tusener unike DNA-sonder i rutenett.
- Cellelyse → isolering av nukleinsyrer (RNA/DNA).
- Merking (fluorescens) + hybridisering til chip (timer).
- Vasking → skanning (laser) → kvantifisering av signal per sonde.
- Bioinformatikk: normalisering, statistikk, visualisering (heatmap, clustering).
Hovedanvendelser
- Genuttrykksprofilerings: Hvilke gener er «på» i gitt celle/type/tilstand (kreft, utvikling, sykdom).
- Komparativ genomisk hybridisering (CGH): Kopitallsvariasjoner (CNV) – delejoner/amplifikasjoner i kreft, utviklingsforsinkelser.
- SNP-deteksjon: Enkeltnukleotid-polymorfismer → foreldelsesanalyse, sykdomsrisiko, populasjonsgenetikk, rettsmedisin.
Fordeler
Multiplex (tusenvis prøver/analyse), høyt genomfløy, kvantitativ, standardisert. Erstattet av RNA-sekvensering for mange uttrykksstudier, men fortsatt kostnadseffektivt for CNV/SNP-screening.
Tidligere:Binyrebarkskarsinom (adrenokortikalt karsinom): Sjeldent, aggressivt, diagnostikk og behandling
Neste:Rødvinhodepine (RWH): Årsaker, utløsere og forebygging