Hva er CGH microarray-analyse?

CGH microarray (Comparative Genomic Hybridization), også kalt kromosom-microarray-analyse (CMA) eller array CGH (aCGH), er en genetisk test som oppdager små slettinger og duplikasjoner i kromosomer – inkludert subtelomere, perisentromere områder og andre regioner.

Bruksområder

• Screening, diagnostisering og behandling av medfødte anomalier
• Autismespekterforstyrrelser (ASD)
• Utviklingsforsinkelser (DD)
• Idiopatisk intellektuell funksjonsnedsettelse (MR) hos barn
• Fødselsdiagnostikk

Fra karyotypering til microarray

Karyotypering av CVS (korionvillusbiopsi) eller amniocentese har vært standard siden 1970-tallet. Begrensninger: krever cellekultur, 10–14 dagers svartid, lav oppløsning, subjektiv tolking, og kan ikke oppdage submikroskopiske endringer.

FISH og QF-PCR gir raskt svar på vanlige aneuploidier (f.eks. Downs syndrom), men mangler genomomfattende screening ved uspesifikke funn.

Hvordan CGH microarray fungerer

Metoden kombinerer kromosom- og FISH-analyser for å identifisere aneuploidier og alle kjente mikroslettinger/mikroduplikasjoner, inkludert telomereendringer.

Fosterceller (fra CVS eller amniocentese) merkes med én fluorofor (f.eks. grønn), referanseceller med en annen (rød). Cellenes DNA co-hybridiseres på en referanseskive. Forholdet mellom fargene analyseres: overflod av rødt signal indikerer ekstra kromosom materiale i fostercellen.

Kopietallvariasjoner (CNV)

Over 70 sykdommer er knyttet til CNV-er – endringer i genomisk materiale ved sletting/duplikasjon. CGH microarray utvider deteksjonen betenkelig og gir raskt, genomomfattende svar i én analyse.

Utfordringer

Fordelen med å oppdage mange varianter må veies opp mot risikoen for å finne varianter av usikker klinisk betydning (VUS – Variants of Uncertain Significance), som kan skape unødvendig uro.