Bakteriell identifisering: Fra Gram-farging til helgenomsekvensering

Bakteriell identifisering er avgjørende for riktig antibiotikaterapi, smittevern og epidemiologisk overvåking. Prosessen går fra isolering til artsbestemmelse med stigende presisjon.

Arbeidsflyt

1. Prøvetaking & transport: Steril teknikk, riktig transportmedium (Amies, Stuart).
2. Dyrking (isolering): Selektive/differensierende agarplater (blodagar, MacConkey, chromogene medier) 18–48 t ved 35–37 °C (eller anaerob).
3. Første skjerming:
   • Gram-farging: Gram+ (blå) vs Gram– (røde), morfologi (kokker/staver, kjeder/klumper).
   • Katalase, oksidase, koagulase (stafylokokker).
4. Biokjemisk profilering: API-striper, VITEK, MALDI-TOF MS (rask, billig, høy nøyaktighet – standard i dag).
5. Molekylær identifisering:
   • 16S rRNA sekvensering (artsnivå).
   • Whole Genome Sequencing (WGS): resistensgener, virulens, utbruddssporning, filogenetikk.
6. Serotyping / fagtyping: For Salmonella, E. coli, Streptococcus pneumoniae osv.

Spesielle utfordringer

• Kresne bakterier (Campylobacter, Helicobacter – mikroaerofilt, spesialmedier).
• Ikke-dyrkningsbare (Tropheryma whipplei, Mycobacterium leprae – PCR/histologi).
• Forurensing: hudflora, miljøbakterier – klinisk tolkning avgjørende.
• Høy sikkerhet (BSL-3) for Mycobacterium tuberculosis, Brucella, Bacillus anthracis.

Klinisk betydning

Rask artsbestemmelse + resistensprofil (AST) → målrettet terapi, redusert bredspektret bruk, bedre utfall, lavere resistensutvikling. MALDI-TOF har revolusjonert turnaround-time fra 24–48 t til minutter.